Manuela Fernández Junquera, cursó sus estudios de Licenciatura en las Universidades de Oviedo (1965-1967) y Salamanca (1968-1970). Obtuvo el grado de Doctor en la Universidad de Salamanca, donde comenzó su labor docente. En 1978 volvió a la Universidad de Oviedo como Profesora Adjunta. En 1987 obtuvo la Cátedra de Derecho Financiero y Tributario en la Universidad de Extremadura, en la que permaneció el curso 1987-1988, regresando de nuevo para ocupar la Cátedra en la Universidad de Oviedo. Ha realizado una estancia de año sabático en la Universidad de Massachusetts.
Ha sido Directora del Departamento de Derecho Público en las Universidades de Extremadura y Oviedo, y Secretaria General en esta última durante el mandato del Rector López-Arranz. Es miembro de la AEDAF. Es Miembro Honorífico del Institut International des Sciences Politiques. Ha sido vocal de la Comisión Nacional para la Evaluación Científica y Técnica. Es vocal del Consejo para la Defensa del Contribuyente, órgano integrado en el Ministerio de Economía y Hacienda y adscrito a la Secretaría de Estado de Hacienda y Presupuesto.